北京十二中本部校区（集团总部）位于丰台区益泽路15号，截至2019年9月初高中共有53个教学班、1890名在校生。本部校区率先将人工智能引入课堂，开展“高端备课”项目教学研究。拥有脑与记忆、生态与环境、超导技术等十五个高端创新工作室和北京市化学重点实验中心，形成了科技教育、艺术教育、体育健康、社会实践、心理教育五大品牌。